Phần còn lại của kim tự tháp Khui trông giống như bậc đầu tiên của một kim tự tháp bậc thang, nhưng đã nói ở trên, cho đến nay người ta vẫn chưa thể xác định được kiểu dáng của cấu trúc này. Phức hợp kim tự tháp Khui đã bị hư hại nặng nề, hoặc thậm chí có thể nó chưa bao giờ được hoàn thiện[5], chỉ còn sót lại dấu tích của công trình ở phía bắc (có thể là đền thờ tang lễ) và một tường bao dày tới 35 mét xung quanh kim tự tháp[6]. Phần cao nhất của kim tự tháp đo được là 4 mét.

Phần lõi của kim tự tháp Khui chỉ được làm từ sỏi và cát. Ở phía bắc có một lối vào dẫn trực tiếp xuống hầm mộ. Căn phòng chôn cất này được lát những khối đá vôi thô, có thể những viên gạch này được lấy từ các ngôi mộ gần đó. Bản thân căn phòng khá nhỏ, độ dài được đo là 3,5 x 7 mét, nằm cách mặt đất gần 9 mét và hoàn toàn trống rỗng[6].